בחולים עם סרטן מעי גס בשלב-IIי(Stage-II) קיימת בעייתיות בהחלטה על טיפול כימי משלים אחרי כריתה כירורגית, בשל היעדר שיטות מהימנות מספיק לקביעת סיכון לחזרת המחלה. בדיקת Oncotype DX Colon® הינה בדיקה אבחנתית חדשה לקביעת דירוג השנות מחלה בחולים אלו, המבוססת על כימות ביטויים של מספר גנים בדגימה מהגידול. במחקר שפורסם ב BioMed Central Cancer הראו החוקרים כי כל אחד ממרכיבי הבדיקה עונה בנפרד על קריטריונים אנליטיים שנקבעו מראש, דבר חיוני לפני תיקופה במחקר קליני.

מבוא
בחולים עם סרטן מעי גס בשלב-IIי(Stage-II) קיימת בעייתיות בהחלטה על טיפול כימי משלים (adjuvant) אחרי כריתת הגידול. חלק מהבעייתיות הזו נובעת מהיעדר שיטות מהימנות מספיק לקביעת הסיכון לחזרת המחלה אחרי סיום הטיפול הכירורגי. באמצעות הקריטריונים המשמשים כיום להחלטה על הטיפול המשלים ניתן לזהות חולים המצויים בסיכון מוגבר משמעותית לחזרת המחלה בכ-25%-30% מהחולים עם גידול בשלב-II, ונדרש כלי טוב יותר להערכת סיכון זה.
בדיקת Oncotype DX Colon® הינה בדיקה אבחנתית חדשה לקביעת הסיכוי לחזרת המחלה בחולי סרטן מעי גס בשלב-II בהם בוצעה כריתה כירורגית של הגידול. בדומה לבדיקת Oncotype DX Breast Cancer® בסרטן שד, גם בדיקה זו מבוססת על שיטת (Reverse Transcription PCR (RT-PCR כמותית, באמצעותה נבדקת רמת ביטויים של מספר גנים ספציפיים בגידול. תוצאת הבדיקה מבוטאת בדירוג השנות (Recurrence score), אשר משקף סיכון אינדיבידואלי של כל חולה לחזרת המחלה.

במחקר שפורסם ב BioMed Central Cancer בדקו החוקרים את מאפייני הביצוע האנאליטיים של בדיקת Oncotype DX Colon®, וזאת תוך שימוש בקריטריונים קבועים מראש, המהווים כלי חיוני בתיקוף בדיקות מולקולאריות אבחנתיות.
אשר תוצאות בדיקה, כמו בדיקה זו, מבוססות על משתנים מרובים, יש חשיבות גדולה לבדיקת המאפיינים האנאליטיים של כל אחד מהמשתנים בנפרד. במאמר זה תיארו החוקרים את בדיקת מאפייני הביצוע האנאליטיים של כל אחד מהמרכיבים בבדיקת Oncotype DX Colon®, דבר בעל חשיבות רבה לפני ביצוע מחקר לתיקוף קליני של הבדיקה.

שיטות
מתוך 761 גנים, נבחרו למחקר זה 7 גנים הקשורים לגידול (cancer-related) [הגנים: BGN, MYC, FAP, GADD45B, INHBA, MK167, ו-MYBL2] ו-5 גנים להשוואה (reference normalization genes) [הגנים: ATP5E, GPX1, GPK1, UBB, ו-VDAC2]. זאת על בסיס תוצאותיהם של ארבעה מחקרים ראשוניים שבוצעו וכללו למעלה מ-1800 חולים1.

במחקר נעשה שימוש בדגימות רקמת גידול מקובעות בפראפין, באופן המייצג דגימות הצפויות להתקבל במעבדות לבדיקה זו בשימושה הקליני. דגימות אשר הכילו כמות גידול קטנה ביותר (>5% מהגידול בדגימה) או שלא הכילו גידול כלל, הוצאו מהמחקר. בוצע כימות של הרנ"א הרלוונטי בדגימות הגידול, כמו גם בדיקה לנוכחות דנ"א שארי [(residual genomic DNA (gDNA], ובהמשך בוצע ה-RT-PCR.
רגישותם האנאליטית של כל אחד מ-12 הגנים שנבדקו הוערכה בנפרד. עבור כל אחד מהגנים בדקו החוקרים את גבול הזיהוי [(Limit of Detection (LOD] ואת גבול הכימות [(Limit of Quantification (LOQ] בבדיקת Oncotype DX Colon®. כמו כן, נבדקו גם דיוק הבדיקה ויכולת השיחזור (reproducibility) שלה.

תוצאות
יעילות האמפליפיקציה ב-PCR נמצאה גבוהה עבור כל 12 הגנים שנבדקו (בין 96% ל-107%).
עבור כל 12 הגנים שנבדקו תאמו תוצאות המדידות האנאליטיות שבוצעו את קריטריוני הביצוע שנקבעו מראש, וזאת בכל הפרמטרים הבאים:
1. לינאריות בבדיקה על פני טווח פוטנציאלי ללא קשר לרמת הביטוי בכל חולה, דבר שחשיבותו נובעת מהשוני ברמת הביטוי של כל גן בחולים שונים והוא חיוני כדי להבטיח את דיוק התוצאה ללא קשר לרמת הביטוי של הגן.
2. רגישות אנאליטית של הבדיקה, כפי שנמדדה הן על ידי ה-LOD והן על-ידי ה-LOQ שנמדדו, ואשר ענו על ערכי LOD ו-LOQ המינימאליים שנקבעו מראש.
3. דיוק אנאליטי של הבדיקה, שתאם את הקריטריונים המינימאליים שהוגדרו מראש.
4. יכולת השיחזור (reproducibility) של הבדיקה.

סיכום ומסקנות
בדיקת Oncotype DX Colon® נותנת דירוג השנות עבור חולה אינדיבידואלי על סמך ביטויים של 7 גנים מסויימים הקשורים במאפייני הגידול. בדיקות מולקולאריות המשמשות לקביעת החלטות טיפוליות בחולי סרטן צריכות להראות נתונים אנאליטיים מוצקים ויכולת שיחזור תוצאות. זאת על מנת שהתוצאות המתקבלות ייצגו בצורה מהימנה את תהליך המרתה של ביולוגיה ספציפית של הגידול בכל חולה לנתונים קליניים עליהם ניתן לבסס את ההחלטה הטיפולית.

לאחר שהסמנים המולקולאריים והמסלולים הביולוגיים זוהו בארבעה מחקרים בלתי תלויים, פותחה בדיקת Oncotype DX Colon® במטרה לתרגם ביולוגיה ספציפית של הגידול לנתונים שיוכלו לשמש בתכנון הטיפול. במחקר זה בוצע תיקוף אנאליטי של הבדיקה, המבוססת על RT-PCR כמותי, ושל כל התהליכים הקשורים בה, תוך שימוש בקריטריונים קבועים מראש. קביעת דרישה מקדימה לפיה מרכיבי דירוג ההשנות הבודדים צריכים לעמוד כל אחד בנפרד בקריטריונים אנאליטיים מחמירים איפשרה לבצע תיקוף קליני של בדיקה זו. עמידה בקריטריונים אלו מבטיחה כי הבדיקה מבוססת על תהליך מבוסס ומבוקר.

References:
1. O’Connell M, Lavery I, Yothers G, Paik S, Clark-Langone KM, Lopatin M, Watson D, Baehner FL, Shak S, Baker J, Cowens J, Wolmark N; Relationship between tumor gene expression and recurrence in four independent studies of stage II/III colon cancer patients treated with surgery alone and surgery plus 5-FU/LV. J Clin Oncol 2010, 28:3937-3944.

הירשמו לקבלת עדכונים בנושאים שעלו בכתבה